Voici les modifications faites sous Ubuntu 10.04 pour l’intégrer au mieux à la place d’Evolution.

Ajouter Thunderbird dans les « messages indicators »

La solution consiste à placer un fichier nommé « thunderbird » là où sont listées les applications à apparaître dans le menu de messagerie en haut à droite sous la nouvelle interface Unity, avec comme contenu:

/usr/share/applications/thunderbird.desktop

On peut créer ce fichier dans « /usr/share/indicators/messages/applications/ » (sera disponible pour tous les utilisateurs mais nécessite de se faire avec les droits administrateur), ou « ~/.config/indicators/messages/applications » (seulement pour l’utilisateur en cours).

Personnellement, j’ai fait le choix de ne modifier que ma session, donc:

gedit ~/.config/indicators/messages/applications/thunderbird

et on y copie la ligne citée précédemment.

En se reconnectant à la session on devrait avoir Thunderbird en plus dans l’indicator.

Supprimer Evolution dans les « messages indicators »

Ne servant à rien dans mon cas, j’ai décidé de supprimer Evolution du menu de messagerie, par un simple:

sudo rm /usr/share/indicators/messages/applications/evolution

Attention, cette modification est appliquée pour tous les utilisateurs!

Au final, on obtient donc:

Add-on thunderbird pour les notifications

Depuis un bout de temps maintenant, j’utilise l’extension « Thunderbird indicator » appelée à l’origine libnotify-mozilla. On peut la télécharger sous forme d’extension *.xpi sur launchpad, la dernière version (datant tout de même du 2 septembre 2010) est la 1.1: thunderbird-indicator-1.1.xpi

Il ne reste qu’à l’installer comme une extension classique dans thunderbird, et en profiter!

Comme sa description l’indique, Thunderbird Indicator indique le nombre de nouveaux messages dans l’indicator-applet (la liste des indicators de messagerie) mais permet aussi de recevoir des messages via les infobulles (via Notify OSD). Pour utiliser la fonction utilisant Notify OSD il faut avoir au préalable installé libnotify-bin.

Voici les options offertes par l’extension (qui parlent d’elles mêmes):

Intégration des menus dans le global-menu

Thunderbird bien que n’étant aps une application en GTK peut utiliser le menu global « à la mac OS » apparu dans les versions netbook d’Ubuntu et repris avec Unity.

Pour qu’il soit actif, il suffit d’installer le paquet thunderbird-globalmenu.

Voici le résultat (la ligne flouttée étant l’adresse mail ayant reçu 10 nouveaux messages):

Correction du bug dans le dash principal d’Unity

Thunderbird est actuellement en version 3.1 dans Ubuntu 10.04, et le paquet ne contient pas d’icône en grand format… ce qui est bien dommage puisqu’il en faut une pour briller sur le nouveau dash principal! Ce menu est accessible en cliquant sur l’icône Ubuntu, et donne accès à 8 fonctionnalités principales:

1. Applications multimédia
2. Applications internet
3. Toutes les applications
4. Recherche de fichiers
5. Lancer le navigateur web par défaut
6. Regarder des photos
7. Lancer le client de messagerie par défaut
8. Lancer le lecteur de musique par défaut

Pour ne pas avoir un Thunderbird qui fait tâche, vous pouvez remplacer la petite icône située dans « /sur/share/pixmaps/thunderbird.png » par celle-ci:

Vous aurez besoin pour ça des droits administrateurs, pour tout faire en ligne de commande vous pouvez faire:

wget http://www.simon-huet.fr/telechargement/2011/05/thunderbird.png && sudo cp ./thunderbird.png /usr/share/pixmaps/ && rm ./thunderbird.png

Et voilà, le tour est joué! Le résultat en images (cliquez pour avoir l’image en grand format):

Conclusion sur Thunderbird dans Unity

Finalement, pas mal de petites corrections à faire pour intégrer au mieux Thunderbird dans Unity. Espérons que ça sera fait « out of the box » à l’avenir, mais avec un peu de temps on peut quand même remplacer Evolution par le piaf bleu.

Voir la fiche sur le site officiel de Belkin: Surf+ USB wireless adapter.

La carte n’est pas reconnue nativement sous Ubuntu 10.10 ou 11.04 (idem avec les live CD), il faut donc l’installer manuellement. Je me suis inspiré d’un How-to existant sur le forum de la communauté Ubuntu pour faire ce mini-tuto.

Installer la carte WiFi Surf+ N300 sous Ubuntu 10.10 et 11.04

La première étape consiste à éditer le fichier « /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules » (ce qui n’était pas le cas dans les versions précédentes) avec les droits administrateur, par exemple en lançant dans un terminal:

sudo gedit /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules

On ajoute le texte suivant au fichier et on enregistre:

ACTION=="add", SUBSYSTEM=="usb", ATTR{idVendor}=="050d", ATTR{idProduct}=="845a", RUN+="/sbin/modprobe -qba r8192s_usb"

Ensuite, on édite de la même manière « /etc/modprobe.d/network_drivers.conf »

sudo gedit /etc/modprobe.d/network_drivers.conf

Dans ce fichier, on copie le texte suivant:

install r8192s_usb /sbin/modprobe --ignore-install r8192s_usb $CMDLINE_OPTS; /bin/echo "050d 845a" > /sys/bus/usb/drivers/rtl819xU/new_id

Il nous faut maintenant copier un driver compatible avec la carte, on commence par créer le dossier où coller le pilote:

sudo mkdir /lib/firmware/RTL8192SU

Ensuite, on récupère le fichier, disponible par exemple sur le svn de Debian:

wget "http://svn.debian.org/wsvn/kernel/dists/trunk/firmware-nonfree/realtek/RTL8192SU/rtl8192sfw.bin"

On copie finalement le fichier « rtl8192sfw.bin » dans le dossier créé:

sudo cp rtl8192sfw.bin /lib/firmware/RTL8192SU

C’est fini! Après un redémarrage la clé USB WiFi est reconnue par Ubuntu et on peut s’en servir normalement avec network-manager. Pas de problème à signaler pour le moment.

Explications supplémentaires sur l’installation

Voici quelques compléments expliquant les différences avec le tutoriel anglais.

Tout d’abord, avant Maverick et Natty, le premier fichier à éditer était « /etc/udev/rules.d/network_drivers.rules ». Depuis Maverick, il faut éditer « /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules » (je suppose que ce changement est du à la réorganisation des services sous Ubuntu).

Ensuite, le tuto n’est pas adapté à la référence exacte de l’adaptateur WiFi que j’avais sous la main. En effet, on peut vérifier les id du vendeur et du matériel avec un « lsusb » ce qui donne pour mon cas:

simon@YS20:~$ lsusb | grep -i belkin
Bus 002 Device 004: ID 050d:845d Belkin Components

Ce sont ces « 050d » et « 845d » qui figurent dans les 2 fichiers modifiés en début de tuto, puisqu’on veut que le pilote soit utilisé lorsque la clé WiFi en utilisée.

D’après la discussion sur le forum anglophone, cette méthode peut servir à de nombreuses cartes WiFi, et est une alternative à l’utilisation du pilote Windows avec ndiswrapper.

Un problème tout de même… car si des enceintes ou un casque audio (Headphones) fonctionnement parfaitement bien, ce n’est pas le cas du haut-parleur interne (internal speaker). Cet article présente un résumé de son activation, ainsi que le moyen de le couper facilement (par exemple si on branche un casque audio).

Informations sur la carte son

Avant toute chose, il serait bon de savoir quelle carte son est dans le ThinStation S20.

simon@YS20:~$ lspci | grep -i audio
00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) HD Audio Controller

C’est un bon début, mais pour la suite il nous faudrait le numéro identifiant cette carte HDA intel.

simon@YS20:~$ head -n 1 /proc/asound/card0/codec*
Codec: Analog Devices AD1988

Nous voilà donc partis pour configurer la carte son AD1988 récalcitrante.

Modification des paramètres ALSA

Lenovo fournit des informations sur son site officiel pour activer le speaker, mais qui ne sont pas très adaptées à l’utilisation sous linux (chemins différents et script non fonctionnel).

En réalité, il faut modifier le fichier  en exécutant par exemple dans un terminal:

sudo gedit /etc/modprobe.d/alsa-base.conf

On y ajoute à la fin ce que le site de Lenovo indique:

options snd-hda-intel model=6stack-dig enable=1,1 index=0,1
# u1Nb.anterc1hhTF:ICH10 HD Audio Controller
alias snd-card-0 snd-hda-intel
# kEn8.QkTk4uHneXA:ATI Technologies Inc
alias snd-card-1 snd-hda-intel

On peut alors redémarrer l’ordinateur ou forcer le redémarrage d’ALSA dans un terminal:

sudo alsa force-reload

Cette méthode fonctionne, mais si on branche le casque audio, les speakers continuent de fonctionner!

Puisqu’on a récupéré le numéro de la carte, faisons un tour sur la liste des HD Audio Model sur kernel.org et voici ce qu’on y trouve pour notre référence:

AD1988/AD1988B/AD1989A/AD1989B
==============================
  6stack	6-jack
  6stack-dig	ditto with SPDIF
  3stack	3-jack
  3stack-dig	ditto with SPDIF
  laptop	3-jack with hp-jack automute
  laptop-dig	ditto with SPDIF
  auto		auto-config reading BIOS (default)

Ça semble confirmer les informations du site de Lenovo, mais la fonction « automute » ne semble présente que pour le modèle « laptop ». Cependant, avec ce mode là les speakers ne fonctionnent pas.

Désactiver les speakers à la demande

Via une interface graphique

Pour pouvoir mettre les haut-parleurs en position « mute » tout en conservant le son dans les écouteurs, il va falloir faire quelques manipulations supplémentaires. En effet, les options sonores par défaut (via gnome-volume-control) ne permettent pas de différencier haut-parleur interne et casque audio.

Comme j’aime bien avoir une interface graphique, j’ai installé gnome-alsamixer (bien qu’alsamixer puisse se lancer son interface graphique dans un terminal) et en jouant avec tous les réglages, impossible de distinguer les 2 sorties audio en modifiant les volumes.

La solution consiste à jouer sur l’option à cocher « Mono ». En effet, si « Mono » et « Headphones » sont activés alors headphones/speaker sont en route. Si on coupe « Headphones » les deux sont muets. Enfin, si on coupe uniquement « Mono », les écouteurs fonctionnent mais pas le haut-parleur interne!

Une interface de configuration Alsa pour gnome

Via une ligne de commande ou un lanceur

La solution est désormais toute simple, il faut pouvoir couper/relancer « Mono » en un clic, ou en une ligne de commande.

Cette fameuse ligne est:

amixer sset Mono toggle

Si le speaker est déjà actif, on aura cette réponse (qui indique qu’on le coupe):

simon@YS20:~$ amixer sset Mono toggle
Simple mixer control ‘Mono’,0
Capabilities: pswitch penum
Playback channels: Front Left – Front Right
Mono:
Front Left: Playback [off]
Front Right: Playback [off]

Si le speaker est inactif, on aura cette réponse (qui indique qu’on l’allume):

simon@YS20:~$ amixer sset Mono toggle
Simple mixer control ‘Mono’,0
Capabilities: pswitch penum
Playback channels: Front Left – Front Right
Mono:
Front Left: Playback [on]
Front Right: Playback [on]

Il ne reste plus qu’à créer un joli lanceur avec cette commande et le tour est joué! J’ai fait un minimum pour mon script « son.sh » (à ne pas oublier de rendre exécutable!) :

#!/bin/bash
amixer sset Mono toggle

Conclusion sur le son et le ThinkStation S20 de Lenovo sous Ubuntu

Au final, le matériel n’est pas géré nativement si on compte ne pas se servir d’enceintes ou de casque, et je n’ai pas encore de solution pour que le branchement d’une prise Jack coupe automatiquement ce fameux haut-parleur interne. Cette solution de remplacement fera l’affaire dans mon cas car je n’utiliserai que rarement des écouteurs, mais je reste ouvert si vous avez une meilleure idée.

Au programme de l’examen: discrimination d’un bacille Gram+ ne poussant pas à la surface d’une gélose LB + glucose pendant 24h à 37°C, ayant contaminé de la nourriture dans une cantine. Ce bacille n’est pas détruit par un traitement par la chaleur de 100°C pendant une minute, et secrète des toxines. C’est donc également l’occasion de faire un point sur les toxines bactériennes.

Annales de microbiologie en M1

Voici le sujet scanné, au format .jpg. Un clic sur l’image vous donnera le scan en plus grande taille.

Annales en microbiologie appliquée (master 1)

Il faut donc déduire l’espèce et le genre du germe, proposer des méthodes génétiques d’identification (avec ou sans PCR), déterminer son mode d’invasion et la nature des toxines sécrétées.

Ce billet clôt les annales du master 1 biologie santé, parcours sciences biologiques. Les articles à venir dans la catégorie Cursus Biologie seront donc en lien avec mon stage ou des détails concernant les unités d’enseignement de la licence ou du M1.

Voici donc les annales des épreuves écrites du second semestre, à commencer par l’épreuve d’immunologie orientée pathologies et logiquement intitulée immunopathologies.

Annales d’immunopathologie (M1)

Un clic gauche sur l’image ou un clic droit puis « Enregistrer la cible du lien sous » vous permettra d’avoir le sujet en format .jpg de bonne qualité.

Annales immunopathologies (Master 1, 2011)

Il s’agissait ici essentiellement de vérifier les connaissances sur 2 chapitres spécifiques. D’abord sur l’organisation de la muqueuse épithéliale, et plus particulièrement le rôle des cellules de l’épithélium (avec en bonus le syndrome de Wiskott Aldrich). Ensuite, sur des populations de lymphocytes T dits « conventionnels » et « non-conventionnels » avec les détails des rôles des NKT (lymphocytes T avec des propriétés de cellules Natural Killer) de type I et II dans l’immunité anti-tumorale.

Vous trouverez dans cette article des sujets d’examen de 2007, 2008, 2009 et 2010.

Examen écrit sur le cours de génie génétique

Le cours magistral de génétique a été évalué en une heure et quart sur la production de substrats d’une protéine kinase à partit d’une banque de cDNA eucaryotes. Protocole global de création de banque de cDNA, détails sur les vecteurs d’expression utilisés et sur les techniques de criblages sont demandés. Voici une transcription du sujet:

M1 génie génétique 1. Décembre 2010. 75 minutes.

Vous avez purifié une protéine humaine appelée PKT1. Vous sousponnez cette protéine d’être une protéine kinase (enzyme qui phsphoryle d’autres protéines en utilisant le phosphate gamma de l’ATP comme source de phosphate). Vous avez donc:

1. Préparé un extrait protéique de cellules humaines.
2. Traité cet extrait avec une enzyme phosphatase pour déphosphoryler toute protéine phosphorylée.
3. Inactivé la phosphatase.
4. Incubé l’extrait avec PTK1 et du [gamma-32P]ATP.
5. Migré l’échantillon sur SDS-PAGE.
6. Exposé le gel à un film.

Vous avez pu détecter ainsi 7 protéines marquées radioactivement. PTK1 et ces 7 protéines sont exprimées par toutes les cellules eucaryotesque vous avez pu tester.

Questions :

1. Vous souhaitez cloner quelques ADNc qui codent pour des substrats de PTK1. Pour ce faire, vous devez utiliser l’enzyme PTK1 purifiée. Indiquez comment vous allez faire, sans détailler la technologie nécessaire pour faire une banque ADNc, mais indiquant clairement la structure du vecteur utilisé et la technique de criblage.
2. Indiquez comment vous allez produire un des substrats de PTK1 chez Pichia pastoris.
3. Indiquez cmment vous allez produire un des substrats de PTK1 à l’aide du système baculovirus.
4. Indiquez comment vous pouvez tester si le niveau normal d’un des substrats dont vous avez cloné l’ADNc est nécessaire à la viabilité cellulaire.

Télécharger les annales du cours de génétique

Pour enregistrer les annales de décembre 2010, vous pouvez aussi télécharger la version image sur le cours de génétique (JPG – 4,3 Mio).

Je mets aussi à disposition des annales des examens des années précédentes:

• Annales de génie génétique de 2009 (PDF – 62,6 Kio)
• Annales de génie génétique de 2008 (JPG – 1,6 Mio)
• Annales de génie génétique de 2007 (PDF – 34,5Kio)

Télécharger les annales de TD de génétique

Les travaux dirigés (TD) de génie génétique  sont des applications du cours magistral, comme si on devait établir un protocole détaillé pour cloner un cDNA dans un vecteur d’expression (très souvent par PCR avec insertion de site de restriction aux extrémités du cDNA en fonction du vecteur dans lequel l’insérer). La démarche est finalement la même qu’en travaux pratiques, les manipulations en moins.

Voici les annales de fin 2010 mais aussi de 2008 et 2007:

• Annales de TD de génétique 2010 (JPG – 559,2 Kio)
• Annales de TD de génétique 2008 (PDF – 182,9Kio)
• Annales de TD de génétique 2008 avec la correction intégrée (PDF – 87,6 Kio)
• Annales de TD de génétique 2007 (PDF – 172,5 Kio)

C’est ainsi que s’achèvent la liste des annales pour les examens du premier semestre du Master 1.

Alors que la gestion de projet est évaluée sur une présentation d’un projet de création d’entreprise ainsi qu’un contrôle continu succinct, la démarche marketing est notée sur des travaux dirigés en groupe ainsi qu’une épreuve écrite lors des examens.

Cette année (examens de première session du M1 BS-SB en décembre) nous n’avons pas eu de traditionnelles questions très orientées mais un sujet nous demandant en 2h de restituer un maximum de connaissances sur la démarche marketing, de l’étude de marché à la commercialisation d’un anti-cernes pour Hommes.

Annales de l’examen de marketing (2010-2011)

Voici le sujet scanné, cliquez pour l’agrandir.

Annales de marketing

Autant dire qu’il fallait poser sur papier quasiment la totalité du cours.

Épreuve écrite: annale AIB 1ère session 2010-2011

L’épreuve repose sur l’explication du principe de la chromatographie d’affinité en tandem (TAP-TAG) et l’analyse d’expérience de FRET.

Cliquez sur les images pour les agrandir, ou vous pouvez télécharger la version PDF (scannée, il reste un peu de crayon par endroits).

Annales AIB - Page 1

Annales AIB - Page 2

Annales AIB - Page 3

Version PDF: Annales AIB Session 1 (2010).pdf

Annales de CC Analyse des Interactions Biomoléculaires

Ces annales sont en pdf et déjà corrigées par l’enseignant. Les travaux dirigés d’AIB consistent essentiellement en des exercices pour illustrer ou approfondir le cours.

En 2010, le contrôle portait sur les types d’interactions, le rôle de l’eau, la représentation de Scatchard, les variables enthalpiques et entropiques d’une liaison, la spectroscopie UV-visible et en particulier la spectroscopie différentielle, l’origine des spectres de fluorescence et le FRET.

En 2009, le sujet concernait le dichroïsme circulaire et le dichroïsme linéaire, ainsi que la fluorescence et l’impact de l’environnement.

PDF des annales: Annales CC AIB 2009 (corrigé) – Annales CC AIB 2010 (avec correction)

Si ça peut aider de futurs étudiants de cette UE ou des curieux.

UE de la L2 biologie-biochime (BB)

Ces unités d’enseignement (UE) sont celles qui faisaient partie du tronc commun et des options de mon choix en 2008-2009. Cette liste n’est donc pas exhaustive et peut être aujourd’hui différente à l’UFR Sciences et Techniques de Nantes (voir les infos sur la licence actuelle).

• Les bases de la chimie organique descriptive (avec TP)
• Biologie moléculaire 1
• Physiologie cellulaire animale et végétale (avec TP)
• Microbiologie (avec TP)
• Professionnalisation : les bonnes pratiques de laboratoire
• Anglais 3 : Anglais scientifique général
• Méthodologie en pharmacologie et médicaments (avec TP)
• Biologie cellulaire 2 (signalisation et transport) – Immunologie 1 (avec TP)
• Biochimie analytique et biologie moléculaire pour les biotechnologies (avec TP)
• Biochimie 2 : Enzymologie et métabolisme (avec TP)
• PPE 2 : Informatique pour les sciences de la vie
• Anglais 4 : Projet anglais scientifique
• Physiologie animale 1a : Physiologie nerveuse et endocrinienne intégrée (avec TP)
• Création de pages Web

Quelques explications sur cette liste de cours.

Bases de la chimie organique descriptive

La chimie organique n’est pas l’élément dans lequel je souhaite m’orienter, mais cet enseignement est une base importante (sans mauvais jeu de mot) pour des applications en biochimie. Cette UE m’a tout de même permis de pratiquer des travaux pratiques de chimie pure et ainsi de vérifier que cette voie n’est pas exactement celle qui me correspond.

Physiologie cellulaire animale et végétale, nerveuse, endocrinienne

Ces cours de physiologie ont été très utile même si au premier abord la physiologie végétale ne m’avait pas paru essentielle. Étant plutôt attiré par la physiologie humaine, j’ai été comblé par la physiologie cellulaire animale qui a abordé les mécanismes cellulaires et intégrés des 5 sens et et la physio endocrinienne / nerveuse. Quant à la physiologie cellulaire végétale, bien que le sujet en lui même n’est pas un de mes principaux centres d’intérêt, j’ai pu constater en L3 (et notamment en intégration des voies métaboliques) que les protocoles de TP et les mécanismes (liés à la respiration et la photosynthèse principalement) ont sont des outils intéressants.

Microbiologie et virologie

Ce cours d’initiation à la microbiologie et à la virologie a été l’occasion d’approfondir mes connaissances sur des organismes qui sont aussi de très bons outils en biologie moléculaire. J’ai donc pu y apprendre des techniques de travaux pratique qui font de très bonnes bases pour les cultures effectuées ensuite en biologie moléculaire et génie génétique.

Travaux pratiques (bonnes pratiques de labo, biochimie, autres UE)

Les Bonnes Pratiques de Laboratoire (BPL, mais aussi la chimie organique, la physiologie, la microbiologie, la pharmacologie, la biologie cellulaire, l’immunologie et la biochimie) ont été l’occasion de découvrir en détail le matériel utilisé en laboratoire et la façon appropriée de les utiliser. Je pense que le nombre de TP plus important qu’en première année de licence a été bénéfique et a nourri mon attrait pour le travail à la paillasse. C’est aussi pour moi la confirmation d’un intérêt pour le côté technique des sciences biologiques, d’autant plus que la majorité des TP sont applicables à de nombreux domaines.

Bien qu’il n’y ait pas eu de travaux pratiques en biologie moléculaire, les différentes UE de biochimie (notamment analytique) enseignent de nombreuses techniques applicables directement en bio mol.

C’est ce type d’enseignement que j’ai ensuite approfondi avec le cours de Fonction des Biomolécules de L3 et Analyse des interactions des biomolécules en M1.

PPE 2 : Informatique pour les sciences de la vie

Ce module est composé de 2 parties: le projet professionnel et l’informatique pour la SVT.

Le projet professionnel a confirmé la voie que je souhaitais emprunter (L3 BBM, M1 BS-SB puis M2 Bilogie Santé – Biologie Biotechnologie et Recherche Thérapeutique) et m’a permis de faire le point sur ma formation à venir (grâce au Carnet de Route édité par l’université de Nantes et un entretien constructif avec Michel Dion).

L’informatique pour la SVT a été une sorte de compromis entre la création de pages web que je connaissais déjà et une initiation à l’automatisation grâce à l’informatique et une ouverture vers la bioinformatique (un des modules de la L3).

Création de pages web

La dernière UE, création de pages web, était une UE de découverte et d’ouverture à d’autres activités que les sciences biologiques. J’ai fait ce choix pour confronter mes connaissances déjà acquises en tant que webmestre autodidacte à celles d’un enseignement universitaire.

[ Cet article complète la page de mon parcours en biologie. ]

UE de la L3 biologie – biochimie parcours BBM

• Biologie Moléculaire 2 : Mécanismes de régulation de l’expression génétique
• Biologie Cellulaire 3 – Immunologie 2
• Plateau Technique : Méthodologie cellulaire et moléculaire
• Biochimie 3 : Fonctions des biomolécules
• Anglais 5 : Anglais scientifique de spécialité
• Intégration des voies métaboliques
• Biologie Moléculaire 3 : Contrôle temporaire de l’expression des génomes
• Traitement des résultats expérimentaux et gestion des bases de données
• Plateau Technique : Purification et modification des biomolécules
• Anglais Professionnel BB/SVT
• Immunologie appliquée
• Enzymes : Applications industrielles et médicales

De manière générale, en plus de l’anglais professionnel et scientifique, j’ai donc fait le choix de m’orienter vers des enseignements qui puissent être utilisés comme techniques en biologie (l’immunologie, l’enzymologie, la biologie cellulaire, la génétique et la biologie moléculaire sont pour moi autant des outils que des sujets d’étude en eux-mêmes).

Ces enseignements spécialisés ont donc confirmé mon attrait pour la technicité dans ce domaine, ce qui m’a logiquement conduit à poursuivre en Master 1 Biologie Santé (BS) – Sciences Biologiques (SB) pour viser le Master 2 BS – Biologie Biotechnologie et Recherche Thérapeutique (BBRT) l’an prochain.

Pour plus de détails, vous pouvez visiter la fiche de la licence mention Biologie Biochimie sur le site de l’université de Nantes (telle qu’elle est à l’heure actuelle). N’hésitez pas non plus à laisser un commentaire en fin d’article ou à me contacter par email.

PS: quelques explications concernant certaines unités dont le titre ne reflète pas forcément le contenu exact de l’UE.

Plateaux techniques

Les « plateaux tech » sont des UE constituées de travaux pratiques (TP) uniquement, autour de techniques de biologie cellulaire, biologie moléculaire et génie génétique. En résumé, il s’agit d’effectuer de la mutagénèse dirigée, des cultures cellulaires, des extractions et purifications (d’acides nucléiques ou de protéines).

À noter qu’avec mon choix d’UE, ces TP ont été complétés par l’étude d’activités enzymatiques avec les TP d’enzymes. Tout ceci m’a permis d’améliorer ma pratique en laboratoire tout en gagnant en autonomie dans l’établissement de protocole expérimental et l’interprétation de résultats.

Traitement des résultats expérimentaux et gestion des bdd

Derrière cette UE se cachent principalement des cours de statistiques et de bioinformatique (modélisation, prédictions, utilisation de banques de données). Ces enseignements complètent de façon très intéressante les travaux à la paillasse, en amont et en aval.

[ Cet article vient compléter la liste de ma formation de biologiste. ]